A、X1为光合作用固定的能量，能进行光合作用的不一定是绿色植物，例如蓝藻无叶绿体但能完成X1过程，由此可见X1过程的完成不一定依赖于一种具有双层膜结构的细胞器，A错误．

　　B、X1过程吸收的CO2总量远大于Y1、Y2、Y3…及Z过程释放的CO2总量，因为个生物体内的有机物中还含有碳元素，B错误．

　　C、第一营养级（生产者）同化量为X1，第二营养级（初级消费者）的同化量为X2，第三营养级（次级消费者）的同化量为X3，X3过程的能量值为X1×10%×10%=1%X1，C正确．

　　D、z1，z2，z3…过程提供的有机物中的碳将全部转变为Z过程释放的CO2中的碳和分解者体内的有机物中的碳，D错误．

　　故选：C．