A、根据图中信息可知，地震毁损的某自然保护区恢复过程中，补偿输入到植食动物的能量是2×103kJ/（m2•a），肉食动物是[（2.1+5.1+0.05+0.25）-（14+2-9-4-0.5）]×103=5×103 kJ/（m2•a），顶位肉食动物是12×103 kJ/（m2•a），在这场地震中营养级较高的生物受到影响最大，A正确；

　　B、第二营养级的固定能量是（14+2）×103 kJ/（m2•a），传给第三营养级的能量是（14+2）×103-（14+2-9-4-0.5）×103=2.5×103 kJ/（m2•a），能量在第二营养级到第三营养级之间传递效率为2.5×103/[（14+2）×103]×100%=15.6%，B正确；

　　C、未利用是指没有呼吸消耗、传递给下一营养级和分解者分解的能量，可以是活体中的能量也可以是尸体中没有被分解的能量，C错误；

　　D、流经生态系统的总能量等于生产者固定的太阳能总量和补偿输入的能量．即（23+70+3+14）×103kJ/（m2•a）+（根据解析A）（2+5+12）×103=129×103kJ/（m2•a），D正确．

　　故选：C．