有些食物蛋白质中虽然含有种类齐全的必需氨基酸,但是氨基酸模式和人体蛋白质氨基酸模式差异较大.食物蛋白质中一种或几种必需氨基酸含量相对较低,导致其他的必需氨基酸在体内不能被充分利用而浪费,造成其蛋白质营养价值较低,这种含量相对较低的必需氨基酸称限制氨基酸（limitingaminoacid）.

　　其中相对含量最低的成为第一限制氨基酸,余者以此类推.植物蛋白质中,赖氨酸,蛋氨酸,苏氨酸和色氨酸含量相对较低,为植物蛋白质的限制氨基酸.谷类食物的赖氨酸含量最低,为谷类食物的第一限制氨基酸其次是蛋氨酸和苯丙氨酸；而大豆、花生、牛奶、肉类相对不足的限制氨基酸为蛋氨酸,其次为苯丙氨酸；此外,小麦、大麦、燕麦和大米还缺乏苏氨酸（第二限制氨基酸）,玉米缺色氨酸（第二限制氨基酸）.