（1）光合作用的场所是细胞的叶绿体．

　　（2）由图知：转基因水稻光合速率随光照强度的增加而增加，这说明影响转基因水稻光合速率的主要因素是光照强度．光照强度为（10～14）×102μmol•m-2•s-1时．原种水稻的气孔导度下降但光合速率基本不变，可能的原因是：虽然光照强度增加，但是气孔导度下导致二氧化碳供给不足，也会影响光合作用速率．

　　（3）由图知：转基因水稻的气孔导度明显大于原种水稻的气孔导度，这说明PEPC酶所起的作用是增大气孔导度，提高水稻在强光下的光合速率． 转基因水稻光合速率随光照强度的增加而增加，所以转基因水稻更适宜栽种在强光的环境中．

　　故答案为：（1）叶绿体；（2）光照强度、光照强度增加与二氧化碳供给不足对光合速率的正负值影响相互抵消； （3）增大气孔导度，提高水稻在强光下的光合速率、强光