A、超级细菌的繁殖速度与普通细菌一样，A错误；

　　B、生物的变异是不定向的，抗生素的选择是定向的，因此，细菌的变异是不定向的，B错误；

　　C、新品种抗生素的使用会影响超级细菌的进化，C错误；

　　D、细菌繁殖的后代有的抗药性强，有的抗药性弱，在抗生素刚被使用的时候，能够杀死大多数类型的细菌．但少数细菌由于变异而具有抵抗抗生素的特性（耐药的变异），不能被抗生素杀死而生存下来（适者生存），下一代就有更多的具有抗药性的个体，经过抗生素的长期选择，就形成了抗药性强细菌．因此，超级细菌的形成是抗生素不断选择的结果，D正确．

　　故选：D．