A、根据题干中“在纯种暗红眼♀×纯种朱红眼♂的正交实验中，F1只有暗红眼”，可知显性基因为暗红色基因；由于正交和反交的结果不同，说明控制眼色的这对基因在X染色体上，A正确；

　　B、正交、反交实验可以确定控制眼色的基因是在X染色体上还是常染色体上，B正确；

　　C、根据解析暗红眼为显性，正交实验中纯种暗红眼♀（XAXA）×纯种朱红眼♂（XaY）得到的F1只有暗红眼：XAXa、XAY，其中雌果蝇的基因型为XAXa，反交实验中纯种朱红眼♀（XaXa）×纯种暗红眼♂（XAY）得到的F1雌性为暗红眼（XAXa），雄性为朱红眼（XaY），C正确；

　　D、根据C选项，反交实验中得到的F1雌性为暗红眼（XAXa），雄性为朱红眼（XaY），F1雌雄性个体交配，子代雄蝇暗红眼（XAY）和朱红眼（XaY）的比例为1：1，D错误．

　　故选：D．