A、正、反交实验常被用于判断有关基因所在的染色体类型，故A正确，

　　B、本实验中正交和反交的实验结果不同，说明这对控制眼色的基因不在常染色体上，故B正确，

　　C、根据解析暗红眼为显性，正交实验中纯种暗红眼♀（XAXA）×纯种朱红眼♂（XaY）得到的F1只有暗红眼：XAXa、XAY，其中雌果蝇的基因型为XAXa，反交实验中纯种朱红眼♀（XaXa）×纯种暗红眼♂（XAY）得到的F1雌性为暗红眼（XAXa），雄性为朱红眼（XaY），故C正确，

　　D、根据C选项可知，正交的F1的基因型是XAXa、XAY，自由交配得到的结果是XAY、XaY、XAXA、XAXa，表现型比为1：1：2，反交的F1的基因型是XAXa、XaXa、XAY、XaY，表现型比为1：1：1：1，故D错误．

　　故选D．