（1）从图中不难看出，该地活珊瑚平均覆盖度有显著下降的趋势．结合材料中珊瑚的形成环境分析，该地活珊瑚平均覆盖度下降的原因可能和沿岸开发活动、海水污染、海水水体透明度降低等因素有关．

　　（2）保护珊瑚礁生态环境的主要非工程措施可从加大海洋环境监测管理力度、设立保护区、通过宣传增强公民海洋环境保护意识、设立相关的保护组织等方面回答．

　　故答案为：（1）变化趋势：显著下降．原因：沿岸开发活动（海水养殖规模的迅速扩大，填海造地及海洋工程建设，珊瑚礁的过度开采等）；海水污染（工业污染物、农业污染物、生活污染物向海洋排放，油轮等石油类污染海水）；海水水体透明度降低．

　　（2）加大海洋环境监测监视管理力度；在沿岸海域珊瑚礁分布地带标明区界，设立珊瑚礁保护区；加大宣传教育力度，增强公民海洋环境保护意识；设立相关的保护组织等．