A、生命系统的结构层次由小到大依次是：细胞、组织、器官、系统、个体、种群和群落、生态系统、生物圈．细胞是生命活动中能完整表现生命活动的最小层次，是地球上最基本的生命系统，A正确；

　　B、生态系统是指生物群落与无机环境相互作用而形成的统一整体，B错误；

　　C、单细胞生物在生命系统的结构层次中没有系统、器官、组织这三个层次，植物没有系统层次，C错误；

　　D、一个分子或一个原子是一个系统，所以蛋白质和核酸等生物大分子本身也算作系统，但分子或原子不是生命系统，因为生命系统能完成一定的生命活动，单靠一个分子或一个原子是不能完成生命活动的，离开细胞，蛋白质、核酸不表现生命活动，D错误

　　故选：A．